康迈迪森已初步建立了具有针对性、实用性和普适性的小分子化合物库，并拥有自动化的药物筛选平台。化合物库是高通量药物筛选的核心组成部分，也是创新药物开发的重要来源。康迈迪森的化合物库包括FDA药物库、已知活性药物库、激酶抑制剂库、天然产物库、代谢化合物库、新药发现高通量筛选库等多个部分。